Den lavvandede Stavns Fjord er karakteristisk ved de mange græs- og kratklædte holme. For at beskytte områdets naturværdier blev der i 1926 oprettet et vildtreservat i Stavns Fjord omfattende ca. 1.650 ha. I 1981 blev ca. 1.525 ha landarealer i og omkring fjorden naturfredet. Vildtreservatet og fredningen af søterritoriet omfatter efter en revision af ordningerne i 1999 Stavns Fjord med øer, holme og visse strandenge, øerne Bosserne og Lindholm samt søterritoriet i ramsarområde nr. 14.
